Un compromis a notamment été établi sur la question du fumage de la charcuterie franc-comtoise qui divisait les partisans de la méthode dite "traditionnelle" - fumage pendant 48 heures dans de grandes cheminées en bois appelées "tuyés"- et les adeptes d'un fumage en 24 heures par ventilation artificielle.

Une durée minimale de fumage de 24 heures a été retenue mais seuls les fabricants ayant recours au tuyé à ventilation naturelle auront droit, en plus, à la certification "Label rouge".

Les producteurs de saucisse de Morteau "du Haut" et ceux "du Bas"
présenteront donc avant la fin de l'année un cahier des charges commun à l'Institut National des Appellations d'Origine (INAO) qui, après avis favorable, sera transmis à la Commission de l'Union européenne et publié dans tous les Etats-membres de l'Union.

Au terme de ce parcours,  "d'ici 15 mois à deux ans", selon Michel
Delacroix, président de la chambre d'agriculture du Doubs, les producteurs franc-comtois pourraient être reconnus comme fabricants exclusifs de la saucisse de Morteau.