L'accent est mis sur la définition d'objectifs, en laissant aux entreprises le choix des mesures de sécurité à adopter au lieu de les imposer dans les moindres détails. Le Conseil a suivi la proposition de la Commission selon laquelle une certaine souplesse est nécessaire pour répondre aux besoins des entreprises situées dans des régions soumises à des contraintes géographiques particulières et pour tenir compte des méthodes traditionnelles de production des denrées alimentaires.

L'accord politique d'aujourd'hui confirme le point de vue de la Commission selon lequel une certaine souplesse est nécessaire pour préserver les méthodes traditionnelles de production des denrées alimentaires ainsi que pour permettre aux régions souffrant de contraintes géographiques de réaliser leurs activités. Les deux principes essentiels sous-tendant la mise en œuvre de cette politique flexible sont la subsidiarité et la transparence. Cette approche permettra d'adapter les règles ouvertement, sans mettre en péril les objectifs de base de l'hygiène des denrées alimentaires, et de continuer à appliquer les techniques de maturation traditionnelles qui servent par exemple à la fabrication de viandes et de produits laitiers traditionnels.

La mise en œuvre d'un système HACCP implique la participation d'un personnel doté de qualifications bien précises dont les petites et moyennes entreprises (PME) peuvent ne pas disposer. C'est pourquoi des dispositifs spéciaux sont prévus pour faciliter la mise en œuvre du système HACCP dans les PME, notamment par l'utilisation des procédures définies dans les guides relatifs à l'application des principes HACCP. Ces codes sectoriels peuvent donner, par exemple, aux petits producteurs de fromage des indications plus détaillées sur les risques encourus et les contrôles à effectuer.

Ces dispositifs spéciaux peuvent également indiquer la période pendant laquelle les exploitants du secteur alimentaire doivent conserver les documents démontrant l'application effective des mesures HACCP, dans les cas où de tels documents sont requis.

Le Conseil a en outre accepté l'amendement du Parlement européen, soutenu par la Commission, qui limite la portée du règlement. Cet amendement vise à exclure du champ d'application la livraison directe, par le producteur, de faibles quantités de produits primaires au consommateur final ou à des détaillants locaux qui fournissent directement le consommateur final. La Commission estime que de telles activités revêtent un caractère exclusivement local. Eu égard au principe de subsidiarité, ces activités devraient relever des États membres. La Commission se félicite par conséquent de la modification ajoutée par le Conseil, selon laquelle il appartient aux États membres d'arrêter des règles nationales applicables à ces activités. L'exclusion du champ d'application du règlement des livraisons directes de produits naturels, tels que les baies sauvages, le poisson, le gibier, les fruits provenant de cultures locales, etc. répond à la nécessité d'autoriser une certaine souplesse.